目前，拆迁行政裁决程序上存在着一些问题。归纳起来，主要体现在八个方面：
(一)拆迁补偿安置纠纷案件的主管之困。现行法律没有规定拆迁行政裁决是行政诉讼的必经程序。于是，一些地方出现了行政裁决机关和法院(民庭)同时受理同一拆迁地块的拆迁补偿安置纠纷、甚至同一宗纠纷的情况。例如，拆迁人出于法律制度、诉讼成本等考虑，把与承租人之间的拆迁安置纠纷诉至法院，而把与被拆迁人之间的补偿安置纠纷提请裁决。这使行政裁决机关面临着怎样与法院进行权限厘定与分工协调的问题。究竟依什么途径救济、依什么标准补偿，给被拆迁人带来了迷惑，也成为拆迁管理的一个新问题。
(二)行政裁决管辖之困。《城市房屋拆迁管理条例》第十六条第一款规定：“拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级人民政府裁决。” 实践中，由于主客观各种因素的影响，比如行政职能的历史沿革、行政机关的偏好、执法人员的素质等，致使各地在行政裁决案件的管辖上分工不清。更为严重的是，许多情况下行政裁决机关与拆迁人身份混同。
这种管辖困境，突出地体现在三个问题上：
1、区房屋拆迁管理部门有无裁决管辖权?
2、公房拆迁过程中，作为被拆迁人的房屋拆迁管理部门已经与拆迁人达成了产权调换补偿协议，拆迁人与公房承租人之间的拆迁安置纠纷，由谁管辖?
3、房屋拆迁管理部门下属具有独立法人资格的单位作为拆迁人，由此发生的拆迁补偿安置纠纷由谁管辖?
对于上述第一个问题，很多地方持否定态度，后来出台的《工作规程》也明文排除了区房屋拆迁管理部门的裁决管辖权;对于第二个问题，某些地方包括一些地方法院都认为应由同级人民政府管辖;对于第三个问题，实际上则一律由拆迁人所属的房屋拆迁管理部门管辖。凡此种种，问题多多。
(三)拆迁听证制度粗糙，实施流于形式。
(四)拆迁评估异议调处机制运转不灵。目前，已经确立了专家评估委员会异议鉴定制度。虽然公正性、可信度较高，但是配套资源要求多、运作成本高，可操作性较差。
(五)裁决机关领导班子集体讨论决定书面裁决制度难以为继。拆迁行政裁决是直接针对被拆迁人基本财产权的重大行政行为，采取民主集中制的原则作出裁决，不失一个好办法，但是规定以集体讨论的方式作出决定则过于机械。
(六)行政强制拆迁决策机制严重虚化。
(七)实施强制拆迁具体工作缺少基本的规范指引。
(八)送达难。拆迁行政裁决产生大量的行政文书。一旦当事人拒收或者借故躲避送达，文书往往难以送达。
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